A mai templom helyén már 1377-ben állt a Keresztelő Szent János tiszteletére emelt keresztelő kápolna. A templomot többször átalakították, falfestményein Cirill és Metód szláv apostolok is láthatók. Metód a pannóniai szlávok érseke volt a 9. században, Kocelj zalavári fejedelemsége idején.

Felsőszölnökön volt plébános Kossics József, az első magyarországi szlovén tájmonográfia és több anyanyelven írt könyv írója. Síremléke a temetőben, emléktáblája a templom falán található. A Templomot 1794-ben felújították, az orgonát 1832-ben javították. 1898-ban az új főoltárt Lewisch Róbert szentgotthárdi oltárépítő készítette. Egy Jézus-szobor, két hármas gyertyatartó, két imádó angyal, s egy kereszt állt rajta. A templom többi szobra: Keresztelő Szent János, Jézus Szíve és Mária szíve, illetve Szent István és Szent László. Az 1898. szeptember 23-án, Erzsébet királyné temetése napján tartott gyászmise alkalmából hangzott el az első magyar nyelvű szentmise és prédikáció a felsőszölnöki templomban. Mivel a templomot az eucharisztikus kongresszus évében építették újjá, a főmennyezet képeinek témáját is az Eucharisztia (Oltáriszentség) köréből választották: utolsó vacsora, kánai menyegző, első áldozás, úrnapi körmenet. A főoltárképen Jézus halálát örökítette meg (1967-ben) a freskó alkotója. A régi templomból maradt nagyobb festményen a napkeleti bölcsek imádják a kis Jézust. A templom 1938. évi újjáépítése Kühár János (1901-1987) nevével kapcsolódik össze. Kossics József után Felsőszölnöknek legnevezetesebb egyénisége fényképeken is megörökítette a régi templomot és az új építését, fölszentelését. Kühár János volt a plébániaház utolsó lakója, a felsőszölnökiek és az egész Szentgotthárd környéki szlovénség utolsó szlovén plébánosa. Kühár János nemcsak a templomot újíttatta fel fél évszázados felsőszölnöki lelkészkedése során, az anyanyelv megőrzéséért is sokat tett. Halála után magyar plébános került a faluba, 1993. óta járt át vasárnaponként szlovén misét tartani a szomszédos szlovéniai Martinjéből Ivan Camplin Plébános Úr.